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Auf Druck von ganz oben wird General Hammond als Oberkommandierender des Stargate-Projekts abgesetzt und durch die brillante Wissenschaftlerin Dr. Elizabeth Weir ersetzt. Doch die Hoffnungen des intriganten Vizepräsidenten Kinsey, der durch diese Maßnahme Macht über die Anlage gewinnen will, erfüllen sich nicht. Colonel O'Neill begibt sich unterdessen in Lebensgefahr, um das uralte Wissen aus der verlorenen Stadt der Antiker in sich aufzunehmen...