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Tony hat die Position von Gibbs eingenommen und leitet die Untersuchung des blutigen Bombenanschlags, bei dem auch der Teamchef schwer verletzt wurde. Während Gibbs nach der Explosion auf der Intensivstation eines Militärkrankenhauses im Koma liegt, suchen seine Kollegen unter großem Druck nach Hinweisen auf die Verantwortlichen. Im Mittelpunkt der Ermittlungen steht das Terrornetzwerk Abu Sayaf, mit dem die NCIS-Agenten ja schon mehrmals zu tun hatten...